Promoting transparency and reproducibility in enhanced molecular simulations

Bonomi, M.; Bussi, G.; Camilloni, C.; Tribello, G. A.; Banas, P.; Barducci, A.; Bernetti, Mattia; Bolhuis, P. G.; Bottaro, S.; Branduardi, D.; Capelli, R.; Carloni, P.; Ceriotti, M.; Cesari, A.; Chen, H.; Chen, W.; Colizzi, F.; De, S.; De La Pierre, M.; Donadio, D.; Drobot, V.; Ensing, B.; Ferguson, A. L.; Filizola, M.; Fraser, J. S.; Fu, H.; Gasparotto, P.; Gervasio, F. L.; Giberti, F.; Gil-Ley, A.; Giorgino, T.; Heller, G. T.; Hocky, G. M.; Iannuzzi, M.; Invernizzi, M.; Jelfs, K. E.; Jussupow, A.; Kirilin, E.; Laio, A.; Limongelli, V.; Lindorff-Larsen, K.; Lohr, T.; Marinelli, F.; Martin-Samos, L.; Masetti, M.; Meyer, R.; Michaelides, A.; Molteni, C.; Morishita, T.; Nava, M.; Paissoni, C.; Papaleo, E.; Parrinello, M.; Pfaendtner, J.; Piaggi, P.; Piccini, G. M.; Pietropaolo, A.; Pietrucci, F.; Pipolo, S.; Provasi, D.; Quigley, D.; Raiteri, P.; Raniolo, S.; Rydzewski, J.; Salvalaglio, M.; Sosso, G. C.; Spiwok, V.; Sponer, J.; Swenson, D. W. H.; Tiwary, P.; Valsson, O.; Vendruscolo, M.; Voth, G. A.; White, A.

doi:10.1038/s41592-019-0506-8

The PLUMED consortium unifies developers and contributors to PLUMED, an open-source library for enhanced-sampling, free-energy calculations and the analysis of molecular dynamics simulations. Here, we outline our efforts to promote transparency and reproducibility by disseminating protocols for enhanced-sampling molecular simulations.

Promoting transparency and reproducibility in enhanced molecular simulations / Bonomi, M.; Bussi, G.; Camilloni, C.; Tribello, G. A.; Banas, P.; Barducci, A.; Bernetti, Mattia; Bolhuis, P. G.; Bottaro, S.; Branduardi, D.; Capelli, R.; Carloni, P.; Ceriotti, M.; Cesari, A.; Chen, H.; Chen, W.; Colizzi, F.; De, S.; De La Pierre, M.; Donadio, D.; Drobot, V.; Ensing, B.; Ferguson, A. L.; Filizola, M.; Fraser, J. S.; Fu, H.; Gasparotto, P.; Gervasio, F. L.; Giberti, F.; Gil-Ley, A.; Giorgino, T.; Heller, G. T.; Hocky, G. M.; Iannuzzi, M.; Invernizzi, M.; Jelfs, K. E.; Jussupow, A.; Kirilin, E.; Laio, A.; Limongelli, V.; Lindorff-Larsen, K.; Lohr, T.; Marinelli, F.; Martin-Samos, L.; Masetti, M.; Meyer, R.; Michaelides, A.; Molteni, C.; Morishita, T.; Nava, M.; Paissoni, C.; Papaleo, E.; Parrinello, M.; Pfaendtner, J.; Piaggi, P.; Piccini, G. M.; Pietropaolo, A.; Pietrucci, F.; Pipolo, S.; Provasi, D.; Quigley, D.; Raiteri, P.; Raniolo, S.; Rydzewski, J.; Salvalaglio, M.; Sosso, G. C.; Spiwok, V.; Sponer, J.; Swenson, D. W. H.; Tiwary, P.; Valsson, O.; Vendruscolo, M.; Voth, G. A.; White, A.. - In: NATURE METHODS. - ISSN 1548-7091. - 16:8(2019), pp. 670-673. [10.1038/s41592-019-0506-8]